В 1918-1920 годах, в составе правительства Азербайджанской Демократической Республики, осуществляло свою деятельность первое Министерство торговли и промышленности независимого Азербайджана. В Азербайджанской Советской Социалистической Республике, входившей в состав СССР в 1920-1991 годах, экономические вопросы регулировались такими структурами как комиссариат торговли, промышленности и продовольствия, Министерство торговли и промышленности, Государственный плановый комитет Азербайджанской ССР.
Указом Президента Азербайджанской Республики от 30 апреля 2001 года были упразднены Министерство государственного имущества, Министерство экономики, Министерство торговли, Государственный комитет по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства и Агентство по иностранным инвестициям, на базе которых было создано Министерство экономического развития.
Распоряжением Президента Азербайджанской Республики "О создании Министерства экономики и промышленности Азербайджанской Республики" от 22 октября 2013 года на базе Министерства экономического развития Азербайджанской Республики создано Министерство экономики и промышленности Азербайджанской Республики. Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 15 января 2016 года на базе Министерства экономики и промышленности Азербайджанской Республики создано Министерство экономики Азербайджанской Республики.
Указом Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева от 23 октября 2019 года расширены функции и структура Министерства экономики. Данным Указом Министерство налогов, Государственный комитет по имущественным вопросам и Государственное агентство по антимонопольной политике и надзору за потребительским рынком включены в структуру Министерства экономики в статусе соответствующих государственных служб. Указом Главы государства от 30 декабря 2019 года утверждено "Положение о Министерстве экономики Азербайджанской Республики".
